המחקר בבית הספר לזואולוגיה מגוון ומשתרע על פני קשת רחבה של תחומים ונושאים החל ברמה המולקולרית וכלה במאקרו-אקולוגיה. תחומים אלה כוללים אקולוגיה, שמירת טבע, ביולוגיה ימית, פיזיולוגיה סביבתית, נוירוביולוגיה, התנהגות בעלי חיים (אתולוגיה), פילוגנזה, פאוניסטיקה, ואבולוציה. מחקרי בית הספר מתקיימים גם בגן למחקר זואולוגי ובמוזיאון הטבע ע"ש שטיינהרדט שבחסות בית הספר, בהם אוספים נדירים של בעלי חיים, המאפשרים מחקרים חדשניים בתחום.

מסלולים מומלצים: נושאי המחקר במחלקה מתאימים ללימודים במסלולים שונים.  רוב תלמידי בית הספר לומדים במסלול לזואולוגיה ובמסלול לאקולוגיה ואיכות הסביבה, אך ניתן ללמוד גם במסלולים האחרים, כגון גנטיקה, נוירוביולוגיה, וביוטכנולוגיה.

תלמיד המתקבל לבית הספר לזואולוגיה, בכל מסלול שהוא, חייב גם בקורסי "המסלול לזואולוגיה" (תכנית מחקר וביוסטטיסטיקה).

על המועמדים לבית הספר לזואולוגיה לצרף לחומר ההרשמה את טופס מס' 26.