תכנות בשפת PYTHON לביולוגים (0411.3122)

עודכן: 28.01.2020

שם הקורס באנגלית: Python Programming for Biologists

 

מרצה הקורס: פרופ' מירוז איתי, פרופ' הדני לילך, גב' גורביץ' יעל, גב' עזורי דנה

 

סוג: שיעור

 

ימים ושעות הקורס

מספר קורס סמסטר יום משעה עד שעה בניין חדר
0411.3122.01 ב ד 16:00 19:00 שרמן 009

 

סילבוס:

הקורס מיועד לסטודנטים לתואר שני ושלישי בביולוגיה המעוניינים בהרחבת הידע והכישורים שלהם בתכנות ובביולוגיה חישובית. הקורס ישלב לימוד מעשי בשפת התכנות Python עם הבנת מודלים חישוביים וניתוח של נתונים ביולוגיים, כגון ניתוח רצפים, פילוגנזה, מודלים מתמטיים של תהליכים ביולוגיים, ויזואליזציה של תוצאות ותצפיות וניתוחים סטטיסטיים.
מנחים אקדמיים: פרופ' לילך הדני ופרופ' איתי מירוז. הקורס יועברו על ידי עוזרי הוראה (דוקטורנטיות).

 

Detailed Syllabus:

  • Basic programming - variables, operators, flow control (if, for, while)
  • Data structures- list, string, dictionary sequences (DNA, AA)
  • String matching with regular expressions (regex)
  • Functions - arguments, return values, scope
  • Reading and writing input and output files
  • Scientific programming libraries – Numpy, Scipy and Biopython
  • Statistics libraries: pandas, scipy.stats
  • Loading biological data and performing statistical analysis
  • Visualization for publication- plots with matplotlib and Seaborn libraries
  • Basic machine-learning techniques

Students will work on their own projects with instructors supervision.

 
דרישות קדם: אין
 
נוכחות חובה
 
הרכב ציון: 
פרוייקט אישי ותרגילי בית
 
אוניברסיטת תל אביב עושה כל מאמץ לכבד זכויות יוצרים. אם בבעלותך זכויות יוצרים בתכנים שנמצאים פה ו/או השימוש
שנעשה בתכנים אלה לדעתך מפר זכויות, נא לפנות בהקדם לכתובת שכאן >>